神學士高級官員向英國BBC表示，該組織高層之間就阿富汗新政府的組成發生「重大爭執」。

根據報導，神學士組織的聯合創始人巴拉達（Mullah Abdul Ghani Baradar）與一名內閣成員之間發生爭吵，自從巴拉達近幾天從公眾視野中消失以來，一直有未經證實的報導稱神學士領導層內部存在分歧，不過這些消息都被官方一一否認。

神學士掌權阿富汗後，宣布由神學士高層組成新臨時內閣。一位消息人士透露，巴拉達是和難民事務部長哈卡尼（Khalil ur-Rahman Haqqani）發生激烈爭吵，兩人的支持者還直接在附近大打出手。

據悉，巴拉達不滿臨時政府架構，再加上神學士內部就重掌阿富汗由誰邀功有所分歧。

報導稱，巴拉達在爭吵過後便離開喀布爾前往坎達哈。13日發布的一段據稱是巴拉達的錄音中，他表示「無論我現在在哪裡，我們沒有任何問題」。消息人士透露，巴拉達預計將返回喀布爾，並可能出現在鏡頭前否認發生過任何爭執。神學士也堅稱沒有發生任何爭執，並稱巴拉達是安全的。